这是一家只在满月之夜出现的杂货店，店主是一只可以变成人形的黑猫，名为洞洞。店里售卖各种“有瑕疵”的奇妙物品——会漏水的许愿壶、只能唱半首歌的八音盒、能让人睡一觉就忘记悲伤的枕头。每个物品都因“不完美”而有了灵魂。失业青年阿城在流浪时被洞洞收留，成为唯一的店员。他在为客人修补“瑕疵”的过程中，也渐渐修补了自己破碎的人生。原来，每个人都有“洞”，而接纳它们，才是完整的开始。
洞洞告诉阿城，自己将在下一次满月后消失，因为他的“使命”完成了——阿城已找到了自己的路。阿城在店门口挂上新招牌：“洞洞杂货店，依然营业。”他决定把这份温暖传下去。
一位从不流泪的职场女强人买走了“能照出真实情绪的镜子”。她对着镜子第一次大哭，而后擦干眼泪离开。洞洞对阿城说：“哭不是软弱，是身体在排毒。”
一个失恋的男孩买了八音盒，它只能播放“未完成”的旋律。男孩每天听半首歌，直到有一天他拿起吉他，自己续写了另一半。他把新曲子带回店里，八音盒第一次完整地唱了整首。
客人在许愿壶里倒水许愿，水却从壶底漏光。阿城着急想修补，洞洞制止：“漏水是因为愿望太多，它装不下。”客人恍然大悟，写下唯一的心愿，水果然停住了。
一位患了PTSD的老兵买走了能遗忘悲伤的枕头，枕了一夜后他痛苦地说：“我忘了怎么哭，但还记得为什么哭。”他退还枕头，选择带着记忆活下去。
阿城在便利店值夜班时，听到一阵铃铛响。他推开门，看见一只黑猫蹲在巷口，身后是一间从未见过的店铺。黑猫开口说：“招店员，包住不包吃，干不干？”